Tinh thần của Basileios suy sụp hẳn vào năm 879 khi người con lớn tuổi và được ông yêu mến nhất từ trần. Basileios giờ phải đưa người con út của mình là Alexandros làm đồng hoàng đế. Basileios không ưa Leon chỉ mải mê đọc sách, thỉnh thoảng còn ra tay đánh đập vị hoàng tử này nữa; do hoàng đế nghi ngờ rằng Leon chính là con trai của Mikhael III. Trong những năm sau này, mối quan hệ của Basileios với Leon đã bị lu mờ bởi sự ngờ vực về khả năng Leon sẽ ra tay trả thù cho cái chết của Mikhael III. Sau cùng Basileios bèn hạ lệnh bắt giam Leon sau khi phát hiện mưu đồ phản nghịch bất thường, nhưng việc giam cầm này lại khiến dân chúng bạo động khắp nơi; Basileios dọa sẽ chọc mù mắt Leon nhưng Thượng phụ Photios hết lời khuyên can nên mới thôi. Leon mãi về sau mới được thả ra sau ba năm chịu cảnh tù giam.[16] Basileios mất vào ngày 29 tháng 8 năm 886 do mắc phải một cơn sốt từ sau một vụ tai nạn săn bắn nghiêm trọng khi dây lưng của ông bị dính chặt vào mấy nhánh gạc của một con hươu và hoàng đế bị kéo lê 16 dặm xuyên qua rừng rậm. Chỉ khi một tùy tùng kị thời cứu thoát Basileios bằng cách lấy dao cắt lỏng dây nhưng hoàng đế ngờ là tên hầu cận này đang cố gắng ám sát mình và đã đem hắn ra xử tử ngay trước khi ông qua đời.[17]

Một trong những hành động đầu tiên của Leon VI khi mới lên ngôi là cải táng di hài của Mikhael III, với buổi lễ được tổ chức long trọng trong khu lăng mộ hoàng gia tại Nhà thờ các Thánh Tông Đồ ở Constantinopolis. Điều này chủ yếu để xác nhận trong dư luận quan điểm cho rằng Leon tự coi mình là con ruột của tiên đế Mikhael.[18]